Omkring 1078 grundade grevarna av Comburg-Rothenburg ett benediktinkloster under Würzburgs stift på platsen för sitt slott, där en av grundarna, greve Burkhard, inträdde som munk. De första munkarna kom från Brauweiler i Rhenlandet, men mellan 1086 och 1088 utsågs en munk från Hirsau till abbot, så att Komburg-klostret från och med den tiden räknades till klostren i Hirsau-reformen. Förutom grevens familj stödde även deras släktingar och grannar stiftelsen. Mainzministern Wignand donerade så stora egendomar till klostret att han betraktades som en annan klostergrundare. Efter en period av välstånd, som också kan ses i många byggnader, har 1200-talet ledde till en nedgång för klostret, vilket resulterade i dess ekonomiska kollaps 1326. Dessutom fanns det interna spänningar och tvister mellan abboten och klostret om användningen av klostrets egendomar. Under den andra halvan av Situationen förbättrades igen på 1300-talet. Den ekonomiska återhämtningen åtföljdes dock av en uppmjukning av reglerna för ordningen. Patronatet låg hos den grundande familjen fram till deras utrotning, föll till Staufers 1138 och krävdes av Schenken von Limpurg 1254; klostret kunde dock avvärja detta krav och förblev under kunglig bailiwick, som Ludwig der Bayer överförde till den kejserliga staden Schwäbisch Hall 1318/1319. År 1484 föll borgen som en kejserlig förläning till biskopen av Würzburg, som utsåg Schenken von Limpurg till underfogdar.