Rond 1078 stichtten de graven van Comburg-Rothenburg een benedictijnenklooster onder de jurisdictie van het bisdom Würzburg op de plek van hun kasteel, waar een van de stichters, graaf Burkhard, intrad als monnik. De eerste monniken kwamen uit Brauweiler in het Rijnland, maar tussen 1086 en 1088 werd een monnik uit Hirsau tot abt benoemd, zodat het klooster Komburg vanaf dat moment tot de kloosters van de Hirsauer Hervorming werd gerekend. Naast de familie van de graaf steunden ook hun familieleden en buren de stichting. De Mainzer minister Wignand schonk het klooster zulke grote landgoederen dat hij werd beschouwd als een andere kloosterstichter. Na een periode van welvaart, die ook te zien is aan de vele gebouwen, is de 13e eeuw leidde tot een verval van het klooster, wat resulteerde in de economische ineenstorting in 1326. Daarnaast waren er interne spanningen en geschillen tussen de abt en het klooster over het gebruik van de kloostergoederen. In de tweede helft van de De situatie verbeterde weer in de 14e eeuw. Het economisch herstel ging echter gepaard met een versoepeling van de regels van de orde. Het patronaat lag bij de stichtende familie tot hun uitsterven, viel in 1138 in handen van de Staufers en werd in 1254 opgeëist door de Schenken von Limpurg; het klooster wist zich echter te weren tegen deze claim en bleef onder koninklijk baljuwschap, dat Ludwig der Bayer in 1318/1319 overdroeg aan de keizerstad Schwäbisch Hall. In 1484 viel het baljuwschap als keizerlijk leengoed toe aan de bisschop van Würzburg, die de Schenken von Limpurg aanstelde als onderbaljuw.