Les comtes de Comburg-Rothenburg fondèrent vers 1078 un monastère bénédictin dépendant du diocèse de Würzburg à l'emplacement de leur château, dans lequel l'un des fondateurs, le comte Burkhard, entra comme moine. Les premiers moines venaient de Brauweiler en Rhénanie, mais entre 1086 et 1088, un moine de Hirsau fut appelé comme abbé, si bien qu'à partir de cette date, le monastère de Kombourg fait partie des monastères de la réforme de Hirsau. Outre la famille du comte, ses parents et voisins ont également soutenu la fondation. Le ministériel de Mayence Wignand a fait don au monastère de biens si importants qu'il a été considéré comme un autre fondateur du monastère. Après une période de prospérité qui se reflète dans de nombreux bâtiments, la ville a connu une période de déclin au cours du XXe siècle. Le déclin du monastère au XIIIe siècle a conduit à son effondrement économique en 1326. A cela s'ajoutaient des tensions internes et des querelles entre l'abbé et le couvent à propos de l'utilisation des biens du monastère. Dans la seconde moitié du La situation s'est améliorée à partir du XIVe siècle. Le redressement économique s'est toutefois accompagné d'un assouplissement des règles de l'Ordre. Le bailliage protecteur resta dans la famille fondatrice jusqu'à son extinction, passa aux Staufer en 1138 et fut revendiqué par les Schenken von Limpurg en 1254 ; le monastère put cependant repousser cette revendication et resta sous bailliage royal, que Louis le Bavarois transmit à la ville impériale de Schwäbisch Hall en 1318/1319. En 1484, le bailliage revint en tant que fief impérial à l'évêque de Würzburg, qui nomma les Schenken von Limpurg comme sous-baillis.